solarbio質(zhì)粒提取試劑盒簡介 說明
更新時間：2010-10-24 | 點擊率：10327
質(zhì)粒提取試劑盒簡介
質(zhì)粒（Plasmid）是一種染色體外的穩(wěn)定遺傳因子，大小從1-200kb不等，為雙鏈、閉環(huán)的DNA分子，并以超螺旋狀態(tài)存在于宿主細胞中。質(zhì)粒主要存在于細菌、放線菌和真菌細胞中，它具有自主復制和轉錄能力，能在子代細胞中保持恒定的拷貝數(shù)，并表達所攜帶的遺傳信息。
質(zhì)粒提取原理及流程
較常用的質(zhì)粒DNA提取方法有3種：堿裂解法、煮沸法和去污劑（如Triton和SDS）裂解法。前兩種方法比較劇烈，適用于較小的質(zhì)粒（<15kb）。去污劑裂解法則比較溫和，一般用于分離大質(zhì)粒（>15kb）。
堿裂解法是一種應用為廣泛的制備質(zhì)粒DNA的方法，其原理為：染色體DNA比質(zhì)粒DNA分子大得多，且染色體DNA為線狀分子，而質(zhì)粒DNA為共價閉合環(huán)狀分子；當用堿處理DNA溶液時，線狀染色體DNA容易發(fā)生變性，共價閉環(huán)的質(zhì)粒DNA在回到中性時即恢復其天然構象；變性染色體DNA片段與變性蛋自質(zhì)和細胞碎片結合形成沉淀，而復性的超螺旋質(zhì)粒DNA分子則以溶解狀態(tài)存在液相中，離心去除沉淀后，就可從上清中回收質(zhì)粒DNA。
目前，市面上質(zhì)粒提取試劑盒大多數(shù)都是采取上述的堿裂解方法，不同之處在于純化方式。目前比較常用的純化系統(tǒng)是硅基質(zhì)吸附材料，其原理為在高鹽環(huán)境下質(zhì)粒DNA能夠結合到硅基質(zhì)上，然后用低鹽緩沖液或水將質(zhì)粒DNA從硅基質(zhì)上洗脫下來。得到的質(zhì)粒可以用于酶切、PCR、測序、細菌轉化、轉染等分子生物學實驗。
影響質(zhì)粒提取的因素
質(zhì)粒提取的得率和質(zhì)量與很多因素有關，如宿主菌的種類和培養(yǎng)條件、細胞的裂解、質(zhì)粒拷貝數(shù)、質(zhì)粒的穩(wěn)定性、抗生素、吸附柱的吸附量等。
宿主菌種類
質(zhì)粒主要存在于細菌、放線菌和真菌細胞中，多數(shù)情況下我們是從大腸桿菌中提取質(zhì)粒。大腸桿菌的菌株不同會影響質(zhì)粒提取的質(zhì)量。從宿主菌如DH5α和*0中可以得到高質(zhì)量的質(zhì)粒DNA。HBl01和它的衍生菌株，如TG1和JM系列會在裂解時產(chǎn)生大量的糖類，如果沒有*去除，將抑制后續(xù)實驗中的酶活性，影響質(zhì)粒DNA提取的質(zhì)量。另外，有些菌株有非常高的內(nèi)切酶活性，會降低DNA的得率。因此推薦使用DH5α和*0來提取質(zhì)粒DNA。
培養(yǎng)時間
從固體培養(yǎng)基平板上挑取一個單菌落，接種到培養(yǎng)物中（含有相關抗生素的液體培養(yǎng)基中），振蕩培養(yǎng)12-16小時。不應超過16小時，因為這時細胞開始裂解，使得質(zhì)粒的得率降低，也會導致質(zhì)粒丟失或質(zhì)粒變異。
質(zhì)粒擴增
氯霉素能抑制宿主細胞蛋白質(zhì)和DNA的合成，但對松弛型質(zhì)粒的復制沒有影響。因此，在細菌培養(yǎng)液中加入氯霉素可提高松弛型質(zhì)粒的拷貝數(shù)。由于氯霉素抑制了宿主細胞蛋白質(zhì)和DNA的合成，從而抑制了染色體的復制，但質(zhì)粒復制所用的酶半衰期較長，故質(zhì)粒仍可繼續(xù)復制，這樣既可增加質(zhì)粒產(chǎn)量，又可降低細胞的數(shù)量，使細菌裂解液的粘度降低而便于操作。常用于擴增的氯霉素濃度為170ug/ml 。
抗生素
在菌株的各生長階段都應加入抗生素篩選。現(xiàn)在用的許多質(zhì)粒都不含有在細胞分裂時確保平均分配的par位點，無質(zhì)粒的子細胞在無抗生素時復制速度遠大于含質(zhì)粒的細胞。
幾種常用抗生素的濃度
| 抗生素 | 儲存濃度 | 保存條件 | 嚴緊型質(zhì)粒工作濃度 | 松弛型質(zhì)粒工作濃度 |
| 氨芐青霉素 | 50mg/ml（溶于水） | -20℃ | 20ug/ml | 100ug/ml |
| 羧芐青霉素 | 50mg/ml（溶于水） | -20℃ | 20ug/ml | 100ug/ml |
| 氯霉素 | 34mg/ml（溶于無水乙醇） | -20℃ | 34ug/ml | 170ug/ml |
| 卡那霉素 | 10mg/ml（溶于水） | -20℃ | 10ug/ml | 50ug/ml |
| 鏈霉素 | 10mg/ml（溶于水） | -20℃ | 10ug/ml | 50ug/ml |
| 四環(huán)素 | 5mg/ml（溶于無水乙醇） | -20℃ | 10ug/ml | 50ug/ml |
質(zhì)粒拷貝數(shù)
質(zhì)粒拷貝數(shù)常用的定義是指生長在標準的培養(yǎng)基下每個細菌細胞中所含有的質(zhì)粒DNA分子的數(shù)目。每個細胞中的質(zhì)粒數(shù)主要決定于質(zhì)粒本身的起始復制機制。按照復制性質(zhì)，可以把質(zhì)粒分為兩類：一類是嚴緊型質(zhì)粒，當細胞染色體復制一次時，質(zhì)粒也復制一次，每個細胞內(nèi)只有1-2個質(zhì)粒，如F因子；另一類是松弛型質(zhì)粒，當染色體復制停止后仍然能繼續(xù)復制，每一個細胞內(nèi)一般有20個左右質(zhì)粒，如ColEl質(zhì)粒。一般分子量較大的質(zhì)粒屬嚴緊型，分子量較小的質(zhì)粒屬松弛型。質(zhì)粒的復制有時和它們的宿主細胞有關，某些質(zhì)粒在大腸桿菌內(nèi)的復制屬嚴緊型，而在變形桿菌內(nèi)則屬松弛型。
部分質(zhì)粒的拷貝數(shù)
| 質(zhì)粒種類 | 拷貝數(shù) | 起始復制子 | 類型 |
| pUC18/19載體 | 500-700 | pMB1 | 高拷貝 |
| pBluescript載體 | 300-500 | ColE1 | 高拷貝 |
| pGEM-T載體 | 300-400 | pMB1 | 高拷貝 |
| pTZ載體 | >1000 | pMB1 | 高拷貝 |
| pBR322載體 | 15-20 | pMB1 | 低拷貝 |
| pACYC及其衍生載體 | 10-122 | p1 | 低拷貝 |
| pSC101及其衍生載體 | 5 | pSC101 | 低拷貝 |
菌液收集及裂解
細菌收集可以通過離心來進行，不同的質(zhì)粒拷貝數(shù)，菌液量的需求不同，對于低拷貝的質(zhì)粒，要相應增加菌液的量。菌液是在堿性環(huán)境下裂解的，由于不同的宿主菌細胞壁厚薄的差異，細胞的破壁程度不同，對于細胞壁較厚的宿主菌，首先要進行破壁處理：
革蘭氏陰性菌——不用特殊處理，堿裂解時就能有效破壁
革蘭氏陽性菌——溶菌酶處理
酵母和絲狀真菌——酵母破壁酶或玻璃珠
菌液收集、重懸以及宿主菌細胞破壁后，細胞在含有RNase A的NaOH/SDS（溶液P2）中裂解。SDS溶解細胞膜的磷脂和蛋白成分，使細胞的內(nèi)容物如染色體、質(zhì)粒DNA和蛋白在堿性環(huán)境下變性。佳的裂解時間是質(zhì)粒大量釋放而沒有釋放染色體DNA的時間，盡量縮短質(zhì)粒暴露在變性環(huán)境中。長時間處在堿性環(huán)境中會導致質(zhì)粒發(fā)生不可恢復的變性。變性的質(zhì)粒在瓊脂糖膠上跑的較快，而且不能被限制性內(nèi)切酶消化。裂解產(chǎn)物在溶液P3中被調(diào)整到中性高鹽環(huán)境，高鹽使得變性的蛋白、染色體DNA、細胞碎片和SDS都沉淀下來，而質(zhì)粒復性留在上清溶液中。溶液要*、混勻以確保沉淀*。為了防止染色體DNA污染質(zhì)粒DNA，要避免劇烈振蕩，以防止染色體DNA被打斷，造成對質(zhì)粒DNA的污染。因為染色體DNA的片段和質(zhì)粒DNA在高鹽條件下，都可以與硅膠膜結合，在低鹽的條件下，用洗脫液都能從膜上洗脫下來。因此，在裂解過程中要緩慢、輕柔顛倒離心管。
質(zhì)粒DNA分離和純化
純化要求
質(zhì)粒DNA中不應存在對后續(xù)實驗中的酶活性有抑制作用的有機溶劑分子或過高濃度的金屬離子。避免其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖、脂類、基因組和RNA的污染。
不同的后續(xù)實驗對于質(zhì)粒純度的要求不同，常規(guī)的分子生物學實驗（如酶切、測序等）普通純度的質(zhì)粒即可滿足實驗，而對于轉染實驗，要求質(zhì)粒的純度較高（如高純度或無內(nèi)毒素）。可以選擇不同的質(zhì)粒提取試劑盒以滿足不同的實驗要求。
純化方法
用硅基質(zhì)材料吸附質(zhì)粒DNA來代替乙醇沉淀的純化方式，提取的質(zhì)粒純度高、操作方便快捷，可選擇的試劑盒有兩種類型，即普通質(zhì)粒提取試劑盒和無內(nèi)毒素質(zhì)粒提取試劑盒。
質(zhì)粒DNA的洗脫和收集
參見基因組DNA提取
質(zhì)粒的保存
溶解在洗脫液EB中的質(zhì)粒DNA，也可以貯存在TE緩沖液中（用水溶解的質(zhì)粒只能短期保存，因為實驗室用的純水呈弱酸性，質(zhì)粒在酸性環(huán)境下會發(fā)生磷酸解），4℃短期保存或-20℃和-70℃長期保存，也可在含有質(zhì)粒的細菌培養(yǎng)物中，加等體積甘油，于-70℃保存
質(zhì)粒鑒定與評價
瓊脂糖電泳檢測
堿裂解法提取的質(zhì)粒經(jīng)瓊脂糖電泳進行鑒定時，理想狀況是只出現(xiàn)超螺旋—條帶，但在質(zhì)粒提取過程中，由于機械力、酸堿度、試劑等原因，使質(zhì)粒DNA鏈發(fā)生斷裂，可能出現(xiàn)兩條帶或者出現(xiàn)三條帶，這三條帶電泳遷移率從快到慢，分別是超螺旋、開環(huán)和復制中間體（即沒有復制*的兩個質(zhì)粘連在—起）。如果加溶液P2后過度振蕩，會在遠離這三條帶的位置出現(xiàn)條帶，這條帶泳動得較慢，是大腸桿菌基因組DNA的片斷。非常偶然的是，有時候提取的質(zhì)粒會出現(xiàn)4個以上的條帶，這是由于特殊的DNA序列導致了不同程度的超螺旋（超螺旋的圈數(shù)不同）所致。但是，只要質(zhì)粒經(jīng)單酶切鑒定后，只有單一條帶，就證明沒有基因組的污染。
酶切檢測
質(zhì)粒提取后，為了進—步鑒定質(zhì)粒的正確與否，就要進行酶切鑒定，通過與Marker對比，確定質(zhì)粒的分子量大小。
用紫外線分光光度計檢測
濃度測定標準為：OD260值為1相當于大約50ug/ml雙鏈DNA。OD260/OD280比值在1.7-1.9之間說明所得DNA純度較好。OD260/OD280比值若低于1.7說明可能有蛋白污染。OD260/OD280比值若高于2.0則說明DNA有可能已降解。如果洗脫時不使用洗脫緩沖液，而使用去離子水，比值會偏低，因為pH值和離子濃度會影響光吸收值，但并不表示純度低。
質(zhì)粒小量提取試劑盒
| 目錄號 | 包裝 | 價格 | 產(chǎn)地 |
| D1100-50 | 50次 | 元 | Solarbio |
| D1100-100 | 100次 | 160元 | Solarbio |
產(chǎn)品簡介：
本試劑盒采用堿裂解法裂解細胞，通過吸附柱在高鹽狀態(tài)下特異性地結合溶液中的DNA的特性提取質(zhì)粒DNA。吸附柱中采用的硅基質(zhì)材料能、專一地吸附DNA，可大限度去除雜質(zhì)蛋白質(zhì)及細胞中其他有機化合物。從1-5ml大腸桿菌LB培養(yǎng)液中，可快速提取5-15μg純凈地高拷貝質(zhì)粒DNA，提取率達85-90％。使用本試劑盒提取的質(zhì)粒DNA可適用于各種常規(guī)的分子生物學試驗，包括酶切、PCR、測序、連接和轉化等試驗。本試劑盒無需使用酚、氯仿等有毒試劑，操作安全。
產(chǎn)品包裝：
| 試劑盒組成 | D1100-50 | D1100-100 | 儲存條件 |
| RNase A | 150ul | 300ul | -20℃ |
| 溶液Ⅰ | 15ml | 30ml | RT |
| 溶液Ⅱ | 15ml | 30ml | RT |
| 溶液Ⅲ | 20ml | 40ml | RT |
| 漂洗液 | 15ml | 15ml×2 | RT |
| 洗脫液 | 10ml | 20ml | RT |
| 吸附柱 | 50個 | 100個 | RT |
| 收集管 | 50個 | 100個 | RT |
| 說明書 | 1份 | 1份 | RT |
注意事項：
1、溶液Ⅰ在使用前先加入RNaseA（將試劑盒中提供的RNaseA全部加入），混勻，置于2-8℃保存。
2、*次使用前應按照試劑瓶標簽的說明在漂洗液中加入無水乙醇配制成工作液（如向15ml的漂洗液中加入60ml的無水乙醇）。
3、使用前請先檢查溶液Ⅱ和溶液Ⅲ是否出現(xiàn)混濁，如有混濁現(xiàn)象，可在37℃水浴中加熱幾分鐘，待溶液恢復澄清后再使用。
4、溶液Ⅱ、溶液Ⅲ和漂洗液使用后應立即蓋緊蓋子，如非指明，所有離心步驟均為使用臺式離心機室溫下進行離心。
5、如果是提取革蘭氏陽性菌質(zhì)粒，必須在裂解細胞前破細胞壁，方法如下：收集適量菌體，加入250ul溶液Ⅰ，充分懸浮菌體，加入溶菌酶至終濃度為10-20mg/ml，37℃處理30min左右。加入溶菌酶的濃度和處理時間可根據(jù)不同的菌株和具體試驗條件進行調(diào)整。
6、洗脫緩沖液的體積好不少于50ul，體積過小會影響回收效率；洗脫液的pH值對洗脫效率也有影響，若需要用水做洗脫液應保證其pH值在8.0左右（可用NaOH將水的pH值調(diào)至此范圍），pH值低于7.0會降低洗脫效率。
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